TLT là một trong những bệnh tim bẩm sinh thường gặp nhất. TLT có thể gặp ở 30-60% tất cả trẻ sơ sinh có bệnh tim bẩm sinh hoặc khoảng 2-6 trẻ trên 1000 lần sinh. Trong quá trình hình thành tim của phôi thai, đầu tiên tim có dạng một ống rỗng, sau đó bắt đầu hình thành các buồng tim và vách tim. Nếu có bất thường nào đó xảy ra trong quá trình này thì vách liên thất được tạo ra không toàn vẹn, tạo nên một lỗ trên vách liên thất. Hiện nay còn có nhiều tranh cãi về việc có phải tất cả các lỗ thông này đều là những bất thường thực sự hay không hay có một số lỗ thông này là hiện tượng bình thường vì có một tỉ lệ lớn các lỗ TLT phần cơ bè đều tự đóng lại trong quá trình phát triển của trẻ.[2] Các nghiên cứu tiền cứu cho thấy tỉ lệ TLT phần cơ bè chiếm từ 2 đến 5 trẻ trên 100 lần sinh có thể tự đóng sớm sau sinh ở 80-90% trường hợp.[3][4]

Các TLT bẩm sinh thường đi kèm với các bệnh lý khác như hội chứng Down.[5]

Một lỗ TLT cũng có thể xuất hiện sau nhồi máu cơ tim một vài ngày [6] do vách liên thất bị thủng cơ học trước khi sẹo nhồi máu hình thành.